refactor: split doctor fix, verify, and package phases

[liujuanjuan1984]

Summary

• 将 doctor.sh 明确拆分为 fix、verify、package 三个阶段，同时保留 ./scripts/doctor.sh 作为唯一标准入口
• 在 pre-commit 改写工作树内容时提前退出，并提示先审查改动后再重跑 doctor.sh
• 更新脚本文本契约测试与脚本文档，锁定新的阶段输出与提前退出语义
• 本次不并入其它 open issues，仅处理 #440 本身

Validation

• bash -n scripts/doctor.sh
• bash ./scripts/doctor.sh

Issue Relation

• Closes [Priority: Med] [DX] 重构 doctor.sh 的自动修复与严格校验分层 #440

[liujuanjuan1984]

独立审查结论：未发现阻塞性问题，可以进入人工评审。

本次审查聚焦了代码变动、实现边界、PR 标题/描述，以及与 issue 的关系，结论如下：

• 代码范围合理：本 PR 只处理 #440，没有把 doctor.sh 分层改造扩展到 CI workflow 调整、替代脚本引入或其它 open issues。
• 实现方向正确：doctor.sh 仍保持单一标准入口，但内部显式拆成 fix、verify、package 三阶段，符合 issue 希望“分层更清楚而不是替代主入口”的目标。
• auto-fix 语义处理得比较稳健：不是仅靠 dirty 标记或文件名判断，而是比较 repo 内容指纹，因此即使工作树在运行前已经有本地改动，也能识别 pre-commit 是否进一步改写了内容，这一点比只看 git status 更稳妥。
• 测试与文档同步到位：tests/scripts/test_script_health_contract.py 已锁定新的阶段输出与提前退出提示，scripts/README.md 也同步说明了新的分层与 rerun 语义。
• issue 关系准确：Closes #440 合理；当前没有证据表明需要再补 Related 其它 open issues，因为 #438、#451、#460 与本次脚本分层改造并不直接耦合。

补充说明：

• 唯一可见的轻微代价是 repo 指纹计算会读取 untracked 文件内容，因此在非常脏、且存在大量大文件的本地工作树里会有一些额外 I/O；但对 doctor.sh 这种本地显式运行的回归入口来说，这是可以接受的权衡，而且比漏判 auto-fix 更稳妥。

当前未看到需要进一步修正的偏差、遗漏或冗余项。